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简单说《黑客帝国》里的人们生活在计算机网络，他们的世界实际是虚拟的世界，就是有高楼大厦的世界。什么是Matrix（矩阵）？Matrix的本意是子宫、母体、孕育生命的地方，同时，在数学名词中，矩阵用来表示统计数据等方面的各种有关联的数据。这个定义很好地解释了Matrix代码制造世界的数学逻辑基础。
在电影中，Matrix不仅是一个虚拟程序，也是一个实际存在的地方。在这里，人类的身体被放在一个盛满营养液的器皿中，身上插满了各种插头以接受电脑系统的感官刺激信号。
人类就依靠这些信号，生活在一个完全虚拟的电脑幻景中。
机器用这样的方式占领了人类的思维空间，用人类的身体作为电池以维持自己的运行。
在电影中，Matrix是一套复杂的模拟系统程序，它是由具有人工智能的机器建立的，模拟了人类以前的世界，用以控制人类。在Matrix中出现的人物，都可以看做是具有人类意识特征的程序。
这些程序根据所附着的载体不同有三类：一类是附着在生物载体上的，就是在矩阵中生活的普通人；一类是附着在电脑芯片上的，就是具有人工智能的机器；这些载体通过硬件与Matrix连接。
而另一类则是自由程序，它没有载体，诸如特工、先知、建筑师、梅罗文加、火车人等。Matrix是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。
人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。
因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。什么是Zion（锡安）？“Zion（锡安）”一词在《圣经》中，是所罗门王建造圣殿所坐落的山，位于圣城耶路撒冷。而在犹太教中，“锡安”代表着上帝的荣耀，是神的救赎来临的标志。
当大地被毁灭后，人类将在锡安接受最后的审判。在电影中，“锡安”是指那些从Matrix中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗Matrix和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。有影迷根据剧情推测：zion 所在的世界其实是另一个母体，是超智能设计的让本身升级的另一套程序。
更有人认为，“真实世界”中的zion所在的世界是用来蒙蔽那些觉醒者（占Matrix中人口总数1%的那些人）的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”，这个所谓的“母体”——zion所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本（他们暂且把它叫做Matrix2）！……然而很多人不理解官方对影片的描述，这些观点明显与下文讲述的动画版影片（官方发布）以及相关游戏作品的内容不相符。
锡安的议会结构很象古罗马的元老院，是兼有立法和管理权的国家机构，制定一切法律和制度，通过执行官进行管理。
锡安是由占据Matrix 人口总数的1%的觉醒者构成的，其中主要是以有色人种为主，尤其是议会里的议员和战舰的船长等高层人员，都是黑人。而电影中之所以这样设置锡安的人口，主要是为了体现多民族的融合与宽容，因为这是一个讲述人类对抗共同敌人的故事，人类自己首先要团结，要实现大同的理想。
而从另一个角度讲，在西方主流科幻电影中，破败的未来以及非白人的世界，一直是最重要的两个视觉元素。沃卓斯基兄弟作为科幻片导演，自然会在电影中加入这两个西方电影观众耳熟能详的视觉元素。
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