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微阵列芯片可以被分为三类：
1、原位合成阵列：原位合成阵列通过固相基板上的化学合成制作而成。在化学合成过程中，将对光不稳定的保护基团与光刻法结合起来执行操作。原位合成阵列主要用于表达分析、基因分型和测序。
2、玻璃上的点状阵列：点状阵列由被聚赖氨酸涂覆的玻璃载玻片制作而成。通过使用槽销从而提供高密度的DNA结合。它允许对样本进行荧光标记。
3、自组装阵列：这是一种光纤阵列，通过在聚苯乙烯微珠上合成的DNA沉积而制成。这些微珠沉积在蚀刻的阵列末端。在不同的微珠上可以合成不同的DNA，将微珠的混合物涂覆到光纤上，就会形成随机自组装的阵列。
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