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通过检测标记信号来确定DNA芯片杂交谱型。 荧光标记杂交信号的检测方法 使用荧光标记物的研究者最多,因而相应的探测方法也就最多、最成熟。
1.待测样品的准备
样品的准备包括样品的分离纯化、扩增和标记。
首先采用常规方法从组织细胞中分离纯化样品核酸、DNA或mRNA，由于目前芯片检测仪器的灵敏度有限，要求对样品中靶序列进行高效而特异地扩增。样品的标记主要采用荧光法，也可以用生物素，放射性核素标记法。
2.分子杂交
待测样品经扩增和标记处理后，即可与DNA芯片上的探针陈列进行分子杂交。芯片杂交与传统的Southern印迹等杂交方法类似，属固-液杂交。探针分子固定于芯片表面，与位于液相的靶分子进行反应。芯片杂交的特点是探针的量显着大于靶基因片段，杂交动力学呈线形关系。杂交信号的强弱与样品中靶基因的量成正相关。
3.检测分析
芯片杂交及清洗后，未杂交分子被清除，带有荧光标记的靶DNA（杂交分子）与其互补的DNA探针形成杂交体，在激光的激发下，荧光素发射荧光。以扫描仪对荧光信号进行检测和分析，通过陈列上DNA探针的原始序列将靶DNA的信息反映出来。
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