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1、全转录组不是全长转录组，全转录组说的是检测普通mRNA，加上 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因，而全长转录组说的是测序的时候采取三代测序等技术这样可以把基因的转录产物的全部长度的碱基一次性测序到，这样很方便知道不同可变剪切转录本的区别。
2、全面转录组是一种高通量技术，可以研究某个生物体或组织中所有的RNA分子。它是对RNA分子的全面测序，是一种非常强大的生物信息学研究方法。通过全面转录组，可以全面探索生物体或组织中RNA的数量、种类和表达水平等信息，为我们的生物学研究提供重要的支持。
3、转录组学分析主要研究生物体在不同生理状态下的基因表达情况。通过高通量测序技术，可以获取生物体转录本的序列和丰度信息，从而分析基因表达的时空特异性、调控机制和功能。例如，在癌症研究中，科学家们通过转录组学分析，发现了许多与癌症发生和发展相关的基因表达异常，为癌症的诊断和治疗提供了新的思路。
与此同时，随着测序技术的发展和进步，衍生了一些核酸提取和文库制备的方法。比如，已经可以成功利用来自单细胞的RNA和DNA进行文库的制备. NGS文库制备的基础是将靶向的核酸、RNA或DNA 改造成测序仪可以使用的形式（Fig 1）。在这儿，我们对比了多个文库制备策略以及NGS应用，主要着眼于与illumina测序技术兼容的文库。
原理 二代测序原理也就是文库构建，PCR产生的片段或基因组打断的片段两端需要添加接头修饰才能进行测序。末端修饰。打断的片段是随机断裂，其末端可能是不平的。因此，建库第一步是补齐不平的末端。添加接头。
序言：自2005年罗氏454测序仪引领风潮以来，二代测序（NGS）技术以其革新性飞跃，Illumina的普及降低了门槛。
文库构建：末端修饰与接头添加的精心设计，NEBNext等试剂盒的运用，确保了文库的特异性和测序兼容性。磁珠纯化犹如净化灵魂的过程，去除杂质，确保数据的纯净。对于Illumina平台，其测序工艺独树一帜：温度、酶和荧光信号的精确控制，如同指挥家指挥着每一段DNA序列的演奏。
测序文库的构建（Library Construction）首先准备基因组DNA（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng，能应用在很多样品有限的实验中），然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段，并在两头加上特定的接头（Adaptor）。
1、运用Antisense关系和Cis关系以及Trans关系。lncRNA具有很多种调控方式lncrna芯片，它不仅对mRNA有调控作用lncrna芯片，而且还可以作为miRNAlncrna芯片的前体在生物体内发挥作用。图1为lncRNA包含lncrna芯片的几种调控方式。
2、lncRNA调控mRNA基因表达，但是调控lncrna芯片的mRNA基因要远离lncRNA编码的位点（考虑到距离因素），可能也是改变远端mRNA基因的空间结构，从而影响该mRNA的表达。
3、A 全转录组测序检测的是small RNA，circRNA，lncRNA及mRNA，目的是分析其在细胞中的互作网络关系，检测方案是建两个库（一个是small RNA数据量10M，一个是lncRNA+circRNA+mRNA数据量12G），其所需样本量大于转录组测序。
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