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缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。这种方法又可分为点制法与印制法。点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。
缺陷是测序对样版DNA浓度值和纯净度规定较为高，实验过程技术标准较为高，且每一次试验只有检验一个结构域或一段编码序列。与PCR和FISH技术性对比，高通量测序技术性可立即载入DNA分子的30亿次碱基序列，具备高通量测序、信息量大的特性。在其中二代高通量测序是时下基因检查最受欢迎的技术性。
基因芯片的原理是碱基配对。样品通过一条或多条已知序列经过标记的核酸探针进行杂交，通过检测杂交结果而测定样品序列，优点是可以一次分析大量样品，缺点是容易出现假阳性。基因测序的原理是双脱氧链终止法，用仪器测定一条DNA序列，优点是准确率高，没有假阳性，只是通量略低。
而形态学鉴别特征会因趋同和变异导致物种的鉴定误差。通过建立DNA条形码数据库，可以一次性快速鉴定大量样本。分类学家新的研究成果将不断地加入数据库，成为永久性资料，从而推动分类学更加快速深入地发展。缺点：目前还没有完善到可以普及的程度，只能在植物领域进行试验。
缺点 若全基因的检测普及，含有基因缺陷的人的信息，一旦落入被测者雇主的手中，将对他的生活产生不良影响。而且基因测序而不确定是个性化治疗的唯一基础，其他还包括基因治疗等其他技术基础。
1、DNA微阵列技术的主要流程：①芯片的制备：DNA芯片的制备方法有光引导原位合成法、化学喷射法、接触式点涂法、原位DNA控制合成、非接触微机械印刷法TOPSPOT和软光刻复制等。目前已能将40万种不同的DNA分子放在1 cm2的芯片上。
2、微阵列名词解释为基因芯片。DNA微阵列（DNA microarray）又称DNA阵列或DNA芯片，比较常用的名字是基因芯片（gene chip）。
3、Donnel等1992，Pease等1994，Yershow等1996，Wallraff等1997都报道了采用DNA微阵列技术进行DNA序列分析。多数研究者采用先合成寡核苷酸序列制作微阵列，然后与标记的未知DNA序列杂交，通过荧光共聚焦显微镜扫描，计算机软件分析得出数据，也有研究者将被测DNA片断阵列，以标记的寡合苷酸为探针杂交测序。
4、DNA微阵列，这个20世纪80年代萌芽、90年代璀璨的科技瑰宝，如同生物世界中的精密探针，以高通量检测的方式揭示基因的秘密。相较于Southern和Northern杂交的传统手法，基因芯片能够同时审阅众多基因的动态，它就像一个微型的基因实验室，不进行复杂的数学运算，却能揭示生命的复杂性和多样性。
新兴的微阵列芯片技术是分子生物学技术和计算机技术高度有机结合的产物，体积小、实验效能高 ， 可以节约人力、 物力和时间， 是对传统分子生物学研究方法和临床检测方法的重要补充 。 在微阵列技术的实际应应用中 ，数据分析具有举足轻重的作用 ， 目前还没有对现有的各种统计学模型进行过综合评价 。
微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。
互补配对原理。DNA微阵列技术（microarray）是一种用于同时快速检测多个基因表达状况或发现新基因、快速检测DNA序列突变、绘制SNP遗传连锁图、进行DNA序列分析的新技术，其基本原理是基于互补配对原理，将DNA样本提取并标记，然后将其加到微阵列芯片上，芯片上的每个探针都与特定的基因序列互补配对。
微阵列名词解释为基因芯片。DNA微阵列（DNA microarray）又称DNA阵列或DNA芯片，比较常用的名字是基因芯片（gene chip）。
一般而言，微阵列技术比NGS更易操作，不需要复杂的、高强度劳动的样本准备以及海量的数据分析。此外，微阵列技术在数据分析中可供选择的工具很多，不过通过使用主要方法就会得到统一的结果。与NGS测序成本相比，高通量的微阵列技术更经济划算，尤其当处理大规模样品时具有显著优势。
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