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与此同时，随着测序技术的发展和进步，衍生了一些核酸提取和文库制备的方法。比如，已经可以成功利用来自单细胞的RNA和DNA进行文库的制备. NGS文库制备的基础是将靶向的核酸、RNA或DNA 改造成测序仪可以使用的形式（Fig 1）。在这儿，我们对比了多个文库制备策略以及NGS应用，主要着眼于与illumina测序技术兼容的文库。
原理 二代测序原理也就是文库构建，PCR产生的片段或基因组打断的片段两端需要添加接头修饰才能进行测序。末端修饰。打断的片段是随机断裂，其末端可能是不平的。因此，建库第一步是补齐不平的末端。添加接头。
序言：自2005年罗氏454测序仪引领风潮以来，二代测序（NGS）技术以其革新性飞跃，Illumina的普及降低了门槛。
文库构建：末端修饰与接头添加的精心设计，NEBNext等试剂盒的运用，确保了文库的特异性和测序兼容性。磁珠纯化犹如净化灵魂的过程，去除杂质，确保数据的纯净。对于Illumina平台，其测序工艺独树一帜：温度、酶和荧光信号的精确控制，如同指挥家指挥着每一段DNA序列的演奏。
测序文库的构建（Library Construction）首先准备基因组DNA（虽然测序公司要求样品量要达到200ng，但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng，能应用在很多样品有限的实验中），然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段，并在两头加上特定的接头（Adaptor）。
综上所述，反义链长非编码RNA通过与正义链基因的精细调控，展示了其在基因表达调控中的重要角色。这些发现不仅拓宽了我们对lncRNA功能的理解，也为对抗疾病提供了新的策略。反义链长非编码RNA的神秘面纱正在一层层揭开，等待我们更深入的探索和应用。
探索生命的秘密代码：长链非编码RNA的奥秘 在真核生物的遗传密码中，有一种神秘的分子守护者——长链非编码RNA （lncRNA），其长度超过200个核苷酸，却并非编码蛋白质。
非编码RNA（Non-coding RNA，ncRNA）是生物体内的一类神秘分子，它们不编码蛋白质，却在RNA层面发挥着不可忽视的作用。这些RNA种类繁多，根据长度和功能，可以划分为独特的类别，它们的发现揭示了基因组表达的全新维度。
在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能了。非编码RNA 从长度上来划分可以分为3类：小于50 nt，包括microRNA，siRNA，piRNA；50 nt到500 nt，包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA，SLRNA，SRPRNA 等等；大于500 nt，包括长的mRNA-like 的非编码RNA，长的不带polyA 尾巴的非编码RNA等等。
长链非编码RNA在基因簇以至于整个染色体水平发挥顺式调节作用。在果蝇中调节“剂量补偿”的是roX RNA，该RNA还具有反式调节的作用，它和其它的蛋白共同构成MSL复合物，在雄性果蝇中调节X染色体活性。在哺乳动物中Xist RNA调节X染色体的失活，其具有特殊的模体可和一些蛋白共同作用实现X染色体的失活。
miRNA是真核生物中的一类内源性的具有调节基因表达功能的非编码RNA，长度为20-25nt（这里注意 nt和bp的区别： 我自己之前就总是搞混，bp就是base pair，成对的碱基，大多出现在DNA中；nt为核苷酸的简写，对于单链的RNA来讲，就是用nt来描述啦）。
运用Antisense关系和Cis关系以及Trans关系。lncRNA具有很多种调控方式，它不仅对mRNA有调控作用，而且还可以作为miRNA的前体在生物体内发挥作用。图1为lncRNA包含的几种调控方式。
lncRNA调控mRNA基因表达，但是调控的mRNA基因要远离lncRNA编码的位点（考虑到距离因素），可能也是改变远端mRNA基因的空间结构，从而影响该mRNA的表达。
A 全转录组测序检测的是small RNA，circRNA，lncRNA及mRNA，目的是分析其在细胞中的互作网络关系，检测方案是建两个库（一个是small RNA数据量10M，一个是lncRNA+circRNA+mRNA数据量12G），其所需样本量大于转录组测序。
一般来说，lncRNA主要从表观遗传学、转录调控及转录后调控等3个层面实现对基因表达的调控。1 . 表观遗传调控 哺乳动物lncRNA介导的表观遗传改变的研究，最早源于基因组印记（genomic printing）和X染色体失活（X chromosome inactive）两个方面，分别与H19和X ist RNA密切相关。
lncRNA，全称“长链非编码RNA”（long non-coding RNA），是近年来RNA方向的研究热门。以前只是各种听说，没正儿八经地做过lncRNA的测序分析。最近接到新任务，所以来了解了解，本人实在健忘，所以记下lncRNA的基础信息。
lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA，通过lncRNA测序，可以快速获得已知lncRNA和新的lncRNA及其靶标的相关信息，从而促进lncRNA的深入研究。
1、．总之，石蜡切片对标本的长期保存较合适，且组织细胞形态结构保持好；而冰冻切片适合对新鲜组织的制片，然后立即固定、染色效果较好，且免疫荧光中可以相对避免石蜡自发荧光的干扰。
2、石蜡切片对组织细胞的定位很准确，石蜡切片对标本的长期保存较合适，我整理一些给你参考下、包埋，检测这类抗原的一抗只能做冰冻切片，所检测的抗原易被破坏，并造成抗原的弥散，比较繁琐、浸蜡。
3、对于差异表达lncRNA，提取转录起始位点上下游序列，使用预测程序对其转录因子结合位点进行预测.基因关联分析 现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针，通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯片上mRNA的表达结果做关联分析，可以更进一步的分析lncRNA的功能。
1、全转录组不是全长转录组，全转录组说的是检测普通mRNA，加上 lncRNA，miRNA，CircRNA这样的3种常规 非编码基因，而全长转录组说的是测序的时候采取三代测序等技术这样可以把基因的转录产物的全部长度的碱基一次性测序到，这样很方便知道不同可变剪切转录本的区别。
2、全面转录组是一种高通量技术，可以研究某个生物体或组织中所有的RNA分子。它是对RNA分子的全面测序，是一种非常强大的生物信息学研究方法。通过全面转录组，可以全面探索生物体或组织中RNA的数量、种类和表达水平等信息，为我们的生物学研究提供重要的支持。
3、转录组学分析主要研究生物体在不同生理状态下的基因表达情况。通过高通量测序技术，可以获取生物体转录本的序列和丰度信息，从而分析基因表达的时空特异性、调控机制和功能。例如，在癌症研究中，科学家们通过转录组学分析，发现了许多与癌症发生和发展相关的基因表达异常，为癌症的诊断和治疗提供了新的思路。
4、转录组测序是一种高通量测序技术，可以在单个细胞或组织中全面分析并鉴定RNA的类型、数量和序列。这种方法可以揭示基因表达、基因调控、剪切变异等方面的信息，从而帮助我们更深入地了解细胞和组织的生物学功能。
5、转录组学是研究基因转录过程的全面性和动态性的学科。生物信息学在转录组学中的应用主要是通过分析RNA序列数据，揭示基因表达模式、剪接异构体和转录因子的调控等信息。RNA测序和分析RNA测序（RNA-Seq）是一种高通量的方法，可以检测和量化细胞内所有的RNA分子，包括mRNA、miRNA和lncRNA等。
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